1980 жылы Стамбул университетінің Әдебиет факультеті философия бөлімінің түрік-исламдық ойлар тарихы кафедрасының профессоры, доктор Нихат Кекликтің басшылығымен дайындалған «Исламдық ресурстар мен философтар аясында Пифагорлар және преократиялық философтар» атты тезисімен философия докторы атағын алды.

Академиялық мансабын 1977 жылы Стамбул Ислам институтының философия және логика бойынша көмекшісі ретінде жалғастырды, 1982 жылы ол теология факультетіне ауыстырылды, доцент және теология кафедрасының меңгерушісі болды.

1984 жылы ол Парижге барып, бір жыл ішінде ислам ойының Батыс ойына әсері туралы ғылыми зерттеулер жүргізді. Мармара университетінің теология факультетінде ислам философиясы кафедрасының меңгерушісі болып 2008 жылы өз еркімен зейнетке шыққанға дейін 12 жылдай жұмыс істеді.

Профессор доктор Бекир Қарлыға зейнеткерлікке шыққаннан кейін Бахчешехир (медам) университетінің өркениетті зерттеу орталығын, Түркиядағы өркениетті зерттеудің алғашқы академиялық орталығын құрды. Сол жылы ол Премьер-Министрдің кеңесшісі және Біріккен Ұлттар Ұйымының Түркия өркениеттері жөніндегі үйлестіру кеңесінің төрағасы болып тағайындалды. Осы орайда Фатих Сұлтан Мехмет қор университетінің Өркениеттер Альянсының (МЕДИТ) институтын құрды.

Ол өз зерттеулерін Ислам ойының қалыптасуына, дамуына және оның әмбебап ойлауға қосқан үлесіне баса назар аударып, бір жыл ішінде Парижде Ислам ойының Батыс ойына әсерін жөнінде зерттеу жүргізді. Жалпы алғанда авторлық аударма бойынша қырыққа жуық жұмыс, негізінен Құранның тафсирі мен Ибн Касир, сондай-ақ Техафут Әл-Фаласиф пен Марокко мақалаларының аудармалары болды.

Профессор Бекир Карлыға Түркияның және шет елдердің көптеген халықаралық кездесулеріне қатысып, көптеген магистрлік және докторлық диссертацияларды басқарды және көптеген диссертацияларда қазылар алқасының мүшесі ретінде қызмет етті.

Оның жұмыстары:

Эвлии Челеби әлемі (ұжым, 2000), Ислам дәстүрінен қазіргі күнге дейін қалалық және жергілікті билік органдары (2 том, команда, 2005), Ислам ойының Батыс ойына, дін мен ойға әсері (2012), ислам ойшылы – Тунис Хайреддин-паша және Танзимат (2013), Дін және өркениет (2012), Құран түсіну (Маудудиден бастап, проворлы, 2012), Құран оқуға қалай (Мухаммад Әли Кутуба, проворлы, 2013), Атлас эвлии Челеби (2013), ағартушы ислам ойшылы (2014), азаматтық тұлғалардың жаһандық көрмесі (2016), батысқа ағатын өзен (2017), Фараби – Өркениеттің ойшылы (2017), Әл-Фараби – өркениеттің философы (2017), Эвлии Челеби қаласы (tsz), Ислам ойының Батыс ойына әсері –I (tsz).